مواد و روش ها: پژوهش حاضر در قلمرو مطالعات کیفی می باشد که با استفاده از مصاحبه و مرورمستندات انجام شده است نمونه‌گیری مبتنی بر هدف و انتخاب اسناد با روش نظام مند صورت گرفته است. مصاحبه نیمه‌ساختار‌یافته عمیق با 26 نفر از افراد مطلع کلیدی انجام شد. داده‌ها با استفاده ازنرم افزارMAXQDA  به روش محتوای‌قیاسی تحلیل شد.

يافته ها: با گذشت بیش از یک دهه از اجرای پزشک خانواده هنوز این برنامه با یک سری چالش‌های اساسی در حوزه‌های رهبری و حکمرانی، تامین مالی، عملکرد ارائه‌دهندگان خدمات، آموزش و فرهنگ رسانی، رفتار گیرندگان‌خدمات و نظارت و ارزیابی مواجه می باشد که بیشترین چالش های برنامه به حوزه رهبری و حکمرانی از قبیل کم رنگ بودن نقش بخش خصوصی در ارایه خدمات، عدم توجیه مقامات سیاسی و مردم نسبت به برنامه و عدم پیش بینی زیرساخت های مورد نیاز برنامه و ... مربوط می شود.

نتيجه گيري: با توجه به اهمیت و نقش کلیدی پزشک خانواده در حوزه سلامت و تکمیل خدمات مراقبت های بهداشتی اولیه (PHC)، خصوصا نقش موثر در دستیابی به پوشش همگانی سلامت (UHC)، بایستی با برنامه ریزی های اصولی مداخلات متناسب و عملی برای رفع موانع موجود و ارتقای برنامه پزشک خانواده طراحی و اجرا گردد.